اختن ميان آنان بود، و آن را پناهگاه و سنگري براي کساني قرار دادند که اميدوار بودند روزي با پيامبر خدا خواهند جنگيد. و منظورشان اين بودکه اگر نيازي به پناهگاري داشتند از اين مسجد استفاده کنند. پس خداوند رسوايشان ساخت و راز آنها را آشکار کرد.
« وَالَّذِينَ اتَّخَذُواْ مَسْجِدًا ضِرَارًا» و کساني که براي زيان رساندن به مومنان و به مسجدشان که در آن جمع مي شدند، مساجدي ساختند، « وَکُفرَاَ» و منظورشان کفر ورزي در آن بود، در حالي که ديگران منظورشان از ساختن مسجد رساندن به ايما و صداقت بود. « وَتَفْرِيقًا بَيْنَ الْمُؤْمِنِينَ» مسجد را ساختند تا مومنان دسته دسته و پراکنده شوند و اختلاف پيدا کنند. « وَإِرْصَادًا» و همچنين منظورشان کمينگاه ساختن، « لِّمَنْ حَارَبَ اللّهَ وَرَسُولَهُ مِن قَبْلُ» براي کسي بود که از پيش با خدا و پيامبرش جنگيده بود. يعني اين مسجد را براي کمک کردن به کساني ساختند که با خدا و پيامبر مي جنگيدند، و پيشتر نيز جنگيده و دشمن سرسخت بودند مانند ابوعامر راهب که فردي از اهل مدينه بود و هنگامي که پيامبر (ص) به  مدينه هجرت نمود به وي کفر ورزيد. او در جاهليت وانمود مي کرد که اهل عبادت است . پس به سوي مشرکين رفت تا از آنان براي جنگيدن  با پيامبر کمک بگيرد. و چون نزد مشرکين به خواسته اش دست نيافت به سوي قيصر رفت به گمان اينکه او را ياري کند. و اين ملعون در راهي که به سوي قيصر مي رفت هلاک شد در حاليکه با منافقان پيمان کمک و ياري بسته بود.
و مسجد ضرارا به اين هدف بنا کردند، و خداوند وحي نازل نمود که آنها براي اين هدف مسجد را ساخته اند. بنابراين پيامبر کساني راکه سوي مسجد فرستاد تا آن را منهدم نمايند و بسوزانند. و آن مسجد منهدم و سوزانده شد و بعد از آن به زباله داني تبديل گرديد. خداوند متعال بعد از اينکه اهداف و مقاصد فاسدشان را درباره ساختن مسجد بيان نمود، فرمود:« وَلَيَحْلِفَنَّ إِنْ أَرَدْنَا» و سوگند مي خورند که در ساختن اين مسجد منظوري« إِلاَّ الْحُسْنَى» جز نيکي  کردن به ضعيف و ناتوان و نابينا نداشته ايم. « وَاللّهُ يَشْهَدُ إِنَّهُمْ لَكَاذِبُونَ» و خداوند گواهي مي دهد که آنان دروغگو هستند، پس گواهي دادن خدا بر آنها از سوگند خوردنشان راست تر است. « لاَ تَقُمْ فِيهِ أَبَدًا» هرگز در آن مسجد که به منظور زيان رساندن به مومنان ساخته شده است نمازمگزار و خداوند تو را از آن بي نياز مي نمايد، و تو ناچار به نمازگزاردن در آن نيستي.« لَّمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَى التَّقْوَى مِنْ أَوَّلِ يَوْمٍ» مسجدي که از روز نخست که اسلام وارد قبا گرديد و بر تقوا بنيان نهاده شد، و آن مسجد قبا است که بر پايه اخلاص دين و عبادت براي خدا و به منظور ذکر او و اقامه شعاير دينش بنيان نهاده شده است. و مسجد قبا در  اين زمينه از قدمت و اصالت زيادي برخوردار است. و اين مسجد شريف« أَحَقُّ أَن تَقُومَ فِيهِ» سزاوارتر است که در آن بايستي، و خدا را در آن عبادت کني، و به ذکر خدا بپردازي. پس اين مسجد با شرافت است و اهالي آن شريف اند، بنابراين خداوند آنها را ستايش نمود و فرمود:« فِيهِ رِجَالٌ يُحِبُّونَ أَن يَتَطَهَّرُواْ» در آن مرداني هستند که دوست دارند خود را از گناهان پاک نمايند و از چرک ها و پليدي ها و آلودگي ها پاکيزه بدارند.
 مشخص است که هرکس چيزي را دوست داشته باشد بايد براي آن تلاش نمايد و در راستاي آن حرکت کند. و آنها چون پاکيزه بودن را دوست داشتند براي پاک کردن خود از گناهان و آلودگي ها و از مبطلات وضو و غسل تلاش مي نمودند. بنابراين آنها از پيشگامان در اسلام بودند و نماز را برپا مي داشتند و همواره همراه پيامبر جهاد مي کردند و در اقامه شرايع دين جدي بودند، و از مخالفت ورزيدن با خدا و پيامبر(ص) پرهيز مي کردند. و پيامبر (ص) بعد از اينکه اين آيه نازل شد از آنان پرسيد که چرا پاکيزگي شما مورد ستايش واقع شده است؟ پس به پيامبر خبر دارند که آنها بعد از استنجا با سنگ خودشان را با آب تميز مي کنند، و خداوند آنها را برکارشان ستود.
« وَاللّهُ يُحِبُّ الْمُطَّهِّرِينَ »و خداوند پاکيزگان را دوست مي دارد؛ کساني که طهارت و پاکي معنوي دارند از قبيل پرهيز کردن از شرک و اخلاق بد، نيز طهارت حسي دارند مانند دور کردن آلودگي ها و رفع مبطلات وضو و غسل. سپس برتري مساجد را برحسب مقاصد اهل آن و همسويي آن با رضاي خدا بيان کرد و فرمود:« أَفَمَنْ أَسَّسَ بُنْيَانَهُ عَلَى تَقْوَى مِنَ اللّهِ» آيا کسي که شالوده مسجد را بر تقواي خدا و خشنودي او بنا نهاده است. يعني بر اساس نيتي صالح و مخلصانه آن را بنا نهاده است، « وَرِضْوَانٍ» و بر پايه خشنودي خدا آن را بنا کرده است، به اين صورت که آن را موافقِ دستور خدا بنا نموده، پس هم در کارش اخلاص داشته است و هم در انجام کار از دستور خدا پيروي نموده است.
« خَيْرٌ أَم مَّنْ أَسَّسَ بُنْيَانَهُ عَلَىَ شَفَا جُرُفٍ هَارٍ فَانْهَارَ بِهِ فِي نَارِ جَهَنَّمَ وَاللّهُ لاَ يَهْدِي الْقَوْمَ الظَّالِمِينَ » آيا چنين کسي بهتر است يا کسي که شالوده آن را بر لبه پرتگاهِ فرو ريخته اي بنياد نهاده و با آن به آتش جهنم در مي افتد؟! و خداوند گروه ستمگران را به سوي مصالح و منافع ديني و دنيوي شان هدايت نمي کند. « لاَ يَزَالُ بُنْيَانُهُمُ الَّذِي بَنَوْاْ رِيبَةً فِي قُلُوبِهِمْ» ساختماني را که بنيان نهاده اند همواره در دلهايشان شک و ترديد ايجاد مي کند.
« إِلاَّ أَن تَقَطَّعَ قُلُوبُهُمْ» مگر آنکه دلهايشان پاره پاره بگردد، به اين صورت که بسيار پشيمان شوند و به سوي پروردگارشان باز گردند و توبه نمايند و بسيار از او بترسند. پس با اين چيزها خداوند آنان را مي بخشد، وگرنه بنايي که ساخته اند بر شک و ترديد و نفاقشان مي افزايد. « وَاللَّهَ عَليمُ» و خداوند به همه چيز به ظاهر و باطن و پوشيده و آشکار و آنچه بندگان پنهان مي دارند و آنچه آشکار مي کنند آگاه و داناست. 
« حَکيمُ» و با حکمت است و کاري را انجام نمي دهد و چيزي را نمي آفريند، و امر نمي کند و نهي نمي نمايد مگر اينکه حکمت مقتضي آن باشد و بدان امر کند.
در اين آيات فوايد و مسايل زيادي نهفته است که به آنها اشاره مي کنيم: 
1- ساختن مسجدي که هدف از آن زيان رساندن به مسجدي ديگر باشد که در نزديک آن است حرام مي باشد، و منهدم کردن مسجدي که به قصد زيان رساندن ساخته شده، و اهداف سازندگانش نيز معلوم است، واجب مي باشد.
2- کار گرچه درست و خوب باشد اما نيت، آن را دگرگون مي نمايد، و آن کار خوب را به کار ممنوع و حرام تبديل مي گرداند. همانطور که نيت سازندگان مسجد ضرار عمل آنها را تبديل به چيزي کرد که خوانديد.
3- هر حالتي که به سبب آن اختلاف و تفرقه ميان مومنان به وجود آيد گناه است و بايد آن را ترک کرد و از بين برد .و کاري که به وسيله آن مومنان متحد و يکپارچه شوند بايد آن را انجام و به آن دستور داد و ديگران را براي انجام آن تشويق نمود. زيرا خداوند علت س