زارش بود و در سفر و اقامت همواره با او بود، و آن جوان يوشع بن نون بود گفت: (لآ أَبْرَحُ حَتَّى أَبْلُغَ مَجْمَعَ الْبَحْرَيْنِ) همواره در سفر خواهم بود. گرچه دچار مشقت و سختي بشوم تا اينکه به محل برخورد دو دريا برسم. و آن جا يي بود که خداوند به موسي وحي کرده بود در آنجا يکي از بندگان دانشمند را خواهند ديد که دانش فراواني دارد که وي آن دانش و علم را ندارد.  (أَوْ أَمْضِيَ حُقُبًا ) يا اينکه مسافتي طولاني را بيپمايم. يعني شوق وعلاقه به دانش، موسي را واداشت تا اين سخن را به خدمتگزاش بگويد و اين تصميم قاطع او بود، بنابراين تصميم خود را عملي کرد. 
(فَلَمَّا بَلَغَا مَجْمَعَ بَيْنِهِمَا) و چون موسي ببه جواني که هموارهش بود، به محل تلاقي دو دريا رسيدند، (نَسِيَا حُوتَهُمَا ) ماهي شان را فراموش کردند. آنها ماهي به همراه داشتند تا از آن بخورند. و به موسي وعده داده شده بود هر جا که ماهي را گم کرد، بنده اي که طلبش مي باشي همان جا مي باشد. آنها ماهي را فراموش کردند، و ماهي در دريا راه خود را در پيش گرفت و به درون دريا خزيد و اين از معجزات بود. 
مفسران گفتند: چون موسي و همراهش به آنجا رسيدند، آب دريا به ماهي اي که توشۀ خود کرده بود اصابت کرد و ماهي به حکم خداوند به درون دريا خزيد و به حيوانات زندۀ دريا پيوست. 
و هنگامي که موسي و خدمتکارش از محل تلاقي دو دريا گذشتند و دور شدند، موسي به خدمتکارش گفت: (آتِنَا غَدَاءنَا لَقَدْ لَقِينَا مِن سَفَرِنَا هَذَا نَصَبًا) صبحانۀ ما را برايمان بياور، واقعاً در اين سفرمان که عبادت بود از دور شدن از محل تلاقي دو دريا خسته شده امي، زيرا راه درازي را که تا رسيدن به محل تلاقي دو دريا پيموده بودند آنان را خسته نکرده بود و اين از نشانه هايي بود که موسي را راهنمايي کرد که آنچه به دنبالش هست در اينجا مي باشد . نيز علاقه اي که براي رسيدن بدانجا داشت راه را براي آنها آسان کرد، اما آنگاه که از مقصد خود گذشتند و دور شدند احساس خستگي کردند. و زماني که موسي اين سخن را به جوان همراهش گفت ، جوان به او گفت: (أَرَأَيْتَ إِذْ أَوَيْنَا إِلَى الصَّخْرَةِ) آيا به ياد نمي آوري آنگاه که شب ما را در کنار آن صخره ي معروف در ميان دو دريا پناه داد (فَإِنِّي نَسِيتُ الْحُوتَ وَمَا أَنسَانِيهُ إِلَّا الشَّيْطَانُ ) همانا من ماهي را از يادبردم، و جز شيطان آن را از خاطرم نبرد، (وَاتَّخَذَ سَبِيلَهُ فِي الْبَحْرِ عَجَبًا ) و جزو شگفتي ها اين بود که ماهي وارد بحر شد و در درون آن خزيد. 
مفسرين گفته اند: راهي را که ماهي در دريا در پيش گرفت ، پشت سر او تبديل به تونل مي گشت و اين امر براي موسي و خدمتکارش شگفت انيگز بود. 
و هنگامي که خدمتکارش اين سخن را گفت، و خداوند به وي وعده داده بود که هر جا  ماهي را گم کند همان جا خضر را خواهد ديد، موسي فرمود: (ذَلِكَ مَا كُنَّا نَبْغِ)پس جستجو کنان براي ردپاي خود بازگشتند . يعني ردپاهاي خود را به سوي جايي که ماهي را فراموش کرده بودند در پيش گرفته و بازگشتند و چون به آنجا رسيدند بنده اي از بندگان ما را يافتند و او خضر، آن بندۀ صالح بود و طبق قول صحيح پيامبر نبوده است. 
(فَارْتَدَّا عَلَى آثَارِهِمَا قَصَصًا) خداوند رحمت ويژه اي به او داده بود که به سبب آن دانش و عملش زياد شد و کردار نيکو گشته بود. (وَعَلَّمْنَاهُ مِن لَّدُنَّا عِلْمًا) و از جانب خويش علمي به او آموخته بوديم. و علم و دانش به  او داده شده بود که موسي از آن برخوردار نبود، گرچه موسي در بيشتر چيزها از او عالم تر بود، به ويژه در علوم ايماني و اصولي، زيرا موسي از پيامبران اولوالعزمي است که خداوند آنها را در علم و عمل و غيره بر ساير مخلوقات برتري داده بود. و هنگامي که موسي به او رسيد، در قالب پيشنهاد، و بسيار مودبانه خواسته اش را مطرح کرد و گفت: (هَلْ أَتَّبِعُكَ عَلَى أَن تُعَلِّمَنِ مِمَّا عُلِّمْتَ رُشْدًا) آيا مي پذيري که من همراه تو شوم و از تو پيروي کنم بدان شرط که از آن چه خداوند به تو آموخته است به من بياموزي، تا مايۀ صلاح و رشد و هدايت من شود، و در اين قضايا حق را به وسيلۀ آن بشناسم؟ خداوند الهام و کرامتي فراوان به خضر داده بود که به وسيلۀ آن چيزهاي زيادي که حتي براي موسي پنهان و پوشيده بود، مي دانست. پس خضر به موسي گفت: از اينکه با من همراه شوي امتناع نمي ورزم، اما (لَن تَسْتَطِيعَ مَعِيَ صَبْرًا (تو هرگز توان شکيبايي با من را نداري. يعني تو نمي تواني از من پيروي کني و همراه من بايستي، زيرا کارهايي مي بيني که به ظاهر منکر و نادرست مي باشند و در باطن چنين نيستند، و تو نمي تواني اين کارها را مشاهده و تحمل کني. بنابراين گفت: (وَكَيْفَ تَصْبِرُ عَلَى مَا لَمْ تُحِطْ بِهِ خُبْرًا) چگونه مي تواني در برابر چيزي شکيبايي کني که ظاهر و باطن و هدف و سرانجام آن را نمي داني؟ پس موسي گفت: (سَتَجِدُنِي إِن شَاء اللَّهُ صَابِرًا وَلَا أَعْصِي لَكَ أَمْرًا) اگر خداوند بخواهد مرا شکيبا خواهي يافت و در هيچ کاري از تو نافرماني نمي کنم. البته اين تصميم موسي بود ، قبل از اينکه موردي پيش آيد و مورد امتحان قرار گيرد، اما عزم و اراده چيزي است و وجود صبر چيزي ديگر. بنابراين در ميدان عمل صبر نکرد و شکيبايي نورزيد. پس در اين هنگام خضر به او گفت: (قَالَ فَإِنِ اتَّبَعْتَنِي فَلَا تَسْأَلْنِي عَن شَيْءٍ حَتَّى أُحْدِثَ لَكَ مِنْهُ ذِكْرًا) اگر از من پيروي کردي دربارۀ چيزي که انجام مي دهم اما در نظرت ناپسند مي باشد، از من مپرس، و اعتراض مکن، و بگذار تا خودم در زماني مناسب راجع به آن برايت سخن بگويم و تو را از آن آگاه سازم. پس خضر، موسي را از سوال کردن بازداشت و به وي وعده داد که او را از حقيقت کار آگاه خواهد کرد.فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا رَكِبَا فِي السَّفِينَةِ خَرَقَهَا قَالَ أَخَرَقْتَهَا لِتُغْرِقَ أَهْلَهَا لَقَدْ جِئْتَ شَيْئًا إِمْرًا پس به راه افتادند تا آنکه سوار کشتي شدند،[ خضر] آن را سوراخ کرد. [موسي] گفت: «آيا آن را سوراخ کردي تا سرنشينان را غرق کني؟ بي گمان کار بسيار بدي کردي»
قَالَ أَلَمْ أَقُلْ إِنَّكَ لَن تَسْتَطِيعَ مَعِيَ صَبْرًا [خضر] گفت: «آيا نگفته بودم که تو هرگز نمي تواني همراه من شکيبايي کني؟»
قَالَ لَا تُؤَاخِذْنِي بِمَا نَسِيتُ وَلَا تُرْهِقْنِي مِنْ أَمْرِي عُسْرًا [موسي ] گفت: «مرا به خاطر آنچه فراموش کردم بازخواست مکن، و درکارم بر من سخت مگير».
فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا لَقِيَا غُلَامًا فَقَتَلَهُ قَالَ أَقَتَلْتَ نَفْسًا زَكِيَّةً بِغَيْرِ نَفْسٍ لَّقَدْ جِئْتَ شَيْئًا نُّكْرًا پس به راه خود ادامه دادند، آنگاه که به نوجواني برخورد کردند و [خضر] او را کشت. [موسي] گفت: «آيا انسان بي گناه و پاکي را کشتي؟ بي گمان کار زشت و نا پسندي کردي»
قَالَ أَلَمْ أَقُل لَّكَ إِنَّكَ لَن تَسْتَطِيعَ مَعِي صَبْرًا[خضر] گفت: «مگر به تو نگفتم که همانا تو با من توان شکيباي